Kecamatan Kota Timur lahir pada tanggal 11 Agustus 2003. Kecamatan ini terbentuk dari pemekaran Kecamatan Kota Selatan yang dilegitimasi melalui Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2003. Kecamatan Kota Timur sampai dengan tahun 2020 ini telah berusia 17 tahun. Dan di usianya yang relative muda ini telah banyak hasil-hasil pembangunan yang telah dicapai seiring dengan berbagai kebijakan pembangunan di wilayah kota Gorontalo.
Secara Geografis Luas Wilayah Kecamatan Kota Timur sebesar 5,77 Km2 atau 0,08% dari total luas wilayah Kota Gorontalo 64,79 Km2. Posisi Geografis berada dibagian Timur Kota Gorontalo yang berbatasan langsung dengan Kecamatan Kabila Kabupaten Bone Bolango , Topografi Wilayahnya terdiri dari lahan persawahan, pemukiman penduduk dan sebagian wilayahnya kawasan perdagangan. Dibagian Timur Kecamatan Kota Timur berbatasan langsung dengan Kecamatan Kabila Kabupaten Bone Bolango, dibagian Utara berbatasan langsung dengan Kelurahan Dembe Jaya Kecamatan Kota Utara, disebelah selatan berbatasan langsung dengan sungai bone sedangkan dan disebelah Barat berbatasan dengan Kecamatan Kota Selatan.
Kondisi yang melatar belakangi sehingga Kecamatan Kota Selatan dimekarkan menjadi 2 Kecamatan yaitu Kecamatan Kota Timur adalah dilihat dari luas wilayah sebelumnya pada Tahun 2003 Jumlah Kelurahan yang ada sejumlah 21 kelurahan sehingga dari jumlah tersebut dianggap tidak memadai lagi Olehnya itu dibagi menjadi dua kecamatan yang masing-masing membawahi 10 Kelurahan di Kecamatan Kota Selatan dan 11 Kelurahan di Kecamatan Kota Timur, kemudian pada tahun 2011 Kecamatan Kota Timur dimekarkan lagi menjadi dua kecamatan yakni Kecamatan Dumbo Raya sehingga jumlah kelurahan yang ada di wilayah Kecamatan Kota Timur tinggal 6 Kelurahan yakni ; kelurahan Heledulaa Utara,Kelurahan Heledulaa Selatan, Kelurahan Ipilo, Kelurahan Padeboulo, kelurahan Tamalate, Kelurahan Moodu.
Adapun maksud dan tujuan pemekaran Kecamatan adalah dalam rangka Upaya Peningkatan dan Percepatan pelayanan kepada Masyarakat dibidang Pemerintahan,Pembangunan dan Kemasyarakatan, memperpendek rentang kendali pemerintahan, serta mempercepat penyebaran pemerataan hasil-hasil pembangunan guna peningkatan kesejahteraan masyarakat.
Dengan adanya pemekaran Kecamatan yang baru maka di wilayah Kecamatan Kota Timur telahg dibangun pula kantor pendukung operasional pemerintahan dibidang keamanan dan ketertiban masyarakat yaitu Polsek Kota Timur dan kantor Urusan Agama (KUA) yang membidangi urusan keagamaan dengan adanya dua kantor tersebut tentunya memudahkan untuk saling koordinasi antar Instansi
